El nombre de esta ciudad proviene del tapir o danta (tapirella dowii), animal sagrado que representaba en ocaciones al dios todopoderoso de los mayas Hunab Ku. Ese animal abundaba por la región. La teoría mas aceptada del origen del toponímico Tizimín, está relacionada con las palabras mayas "ti"(lugar de) y "tsimin" (tapir).

No se conoce la fecha de fundación de Tizimín y la información de su existencia en la época prehispánica es muy vaga. Se cree que inicialmente se situó en el lugar actualmente conocido como "tsimin-cah" (pueblo del tapir), donde se encuentra una escultura de piedra bastante deteriorada de un caballo. Los mayas al conocer los caballos traidos por los españoles los relacionaron con los tapires.

La importancia prehispánica de Tizimín probablemente se debió estaba situado en la confluencia de los tres cacicazgos mayas: los Cupules, los Tazes y los Chikincheles.

El primer dato fidedigno que se tiene sobre la situación geográfica de Tizimín se obtuvo en 1564 cuando los frailes franciscanos escogen este punto para levantar un convento, sin especificar si era una población, un cerro o un cenote. No se sabe cuando fue declarado pueblo ni se conoce la fecha en que iniciaron sus funciones el primer cabildo o ayuntamiento.

Un suceso trascendental en la historia de Tizimín ocurrió en en el año de 1666 cuando los franciscanos edificaron la iglesia parroquial de los Santos Reyes. A partir de entonces los Reyes de Oriente transformaron al lugar en destino de numerosas peregrinaciones que acudían a venerar sus imágenes. Con el tiempo esa tradición dio lugar a una de las fiestas populares más importantes del pais la cual se celebra cada año en el mes de enero y atrae a miles de visitantes.

Otro suceso importante en la vida de los tizimileños fue la llegada de la actividad ganadera que transformó al modesto pueblo agrícola en el importante productor bovino que es hasta la fecha.

The name Tizimín comes from the Mayan word for the indigenous woodland animal the "Tapir" or "Danta" (tapirella dowii), a sacred animal frequently used in pre-hispanic hieroglyphs to represent the all powerful Mayan deity Hunab Ku. The dominant theory states that the Mayan words "ti" (place) and "tsimin"(Tapir) have been joined to form the word Tizimín or "Place of the Tapir".

The exact year in which Tizimín was founded remains unknown, and information regarding its existence in pre-hispanic times is patchy. The discovery in the region of a Mayan stone sculpture in the shape of a horse has led to the conclusion that the settlement acquired the name "tsimin-cah" or "Town in the Place of the Tapir" after the Mayan inhabitants mistook the unfamiliar horses ridden by the conquistadors for Tapirs. Tizimín's importance in the Mayan era was probably due to its strategic location bordering the territories of three important Mayan kingdoms: the Cupules, the Tazes and the Chikincheles.

The earliest reference to Tizimín's presence in the colonial era points to the year 1564 when Franciscan monks chose to build their convent (which still stands) on a significant local site, although it was not specified whether the spot was chosen for the Mayan village, underground lakes, or ruined pyramids that they found there. The exact dates in which Tizimín was declared a town and the town council formed remain a mystery.

A momentous event in Tizimín's history was the construction by the Franciscans in 1666 of the Church of the Holy Kings. Since that time the three effigies of "the Kings of Orient", which can still be viewed inside the church, have turned Tizimín into an important catholic pilgrimage site. The number of pilgrims who come to worship the kings has grown year upon year, and today during the celebration of the Three Kings at the beginning of January, Tizimín hosts one of the most important traditional festivals in Mexico, attracting tens of thousands of visitors over a three week period.

Another important development in the fortunes of Tizimín has been the relatively recent birth and continued expansion of its cattle farming industry. The town has been steadily transforming itself from a modest provincial community of small-scale crop growers into one of the foremost livestock producing regions in southern Mexico.